Nieuw inrichten van een reeds bestaand aquarium

Ik heb een 180-liter-aquarium, hetwelk nu bijna een half jaar loopt. Nu wil ik het compleet hervormen. Dat wil zeggen nieuwe bodemgrond, nieuw grind, grotendeels nieuwe planten etc. Ik ben van plan ca. 100 l van het oude aquariumwater in emmers te bewaren, om dit naar de nieuwinrichting weer in het aquarium te doen en de rest met vers water op te vullen. Omdat ik de bodemgrond en het grind er compleet uit haal en de filter dan ca. 3 uur niet zal lopen, zou het kunnen zijn, dat ik bacteriën verlies, en dit zou ik met het oude aquariumwater tenminste iets willen verevenen, omdat de vissen direct erna weer in het aquarium gezet worden. Heeft u een betere idee, hoe ik dit het beste kan doen? De vissen wil ik tijdens de inrichting in grotere emmers zetten. Omdat de filter vast in het aquarium geïnstalleerd is, kan ik hem helaas niet in bijv. een emmer verder laten lopen.