Remodelación de un acuario en funcionamiento

Tengo un acuario de 180 litros que ha estado en funcionamiento durante unos seis meses. Ahora quiero remodelarlo completamente. Es decir: nuevo sustrato, gravilla, plantas, etc. Quiero almacenar unos 100 litros de agua del acuario actual en cubos para volver a ponerla en el acuario después de la remodelación y luego terminar de llenar el acuario con agua del grifo. Puesto que voy a quitar todo el sustrato y la gravilla, y el filtro va a estar apagado durante unas 3 horas, es posible que pierda muchas bacterias. Me gustaría compensar esta pérdida, al menos en parte, utilizando el agua vieja, ya que tengo que volver a poner los peces en el acuario de inmediato. ¿Tiene una mejor idea de cómo llevar a cabo toda la operación? Durante este tiempo voy a tener los peces en cubos grandes. El filtro interior está integrado de forma fija en el acuario, por lo que no es posible mantenerlo en funcionamiento (por ejemplo, en un cubo).